Die byzantinischen Kirchen haben in Architektur und in Ausführung des Baus nichts mit den antiken griechischen Tempeln gemeinsam. Die antiken Bauwerke waren bis in die kleinsten Details mit Bedacht konzipiert; die harmonische Gestaltung zielte auf optimale Schönheit. Aber auch in der Ausführung suchten die Baumeister stets die Perfektion: Säulen und Steine waren sorgfältig zurechtgehauen oder -geschliffen und die waagerechten und senkrechten Linien des Tempels waren nicht nur exakt gerade ausgerichtet, sondern sogar mit Absicht ein kleines bisschen gekrümmt oder geneigt (Entasis, Inklination und Kurvatur), um einen für das Auge gefälligeren, leichteren und lebendigeren Eindruck zu erzielen.
Die Baumeister der Kirchen legten im Gegensatz dazu einen viel geringeren Wert auf die Konzeption der Gebäude und auf deren technische Ausführung. Die meisten Kirchen sind einfache, manchmal geradezu simple Bauwerke; einige Kirchen sind kaum als solche zu erkennen. Bei vielen Kirchen, insbesondere aus der späten byzantinischen Zeit, sind die Wände schief und die Kuppeln nur annähernd rund. Das Mauerwerk besteht normalerweise aus gänzlich unbearbeiteten, in der Umgebung aufgelesenen Feldsteinen. Viele der Kirchen von Naxos, insbesondere die fern der Dörfer gelegenen, sind klein und unauffällig; manchmal kommt man überhaupt nur wegen der west-östliche Ausrichtung und der Rundung der Apsis darauf, dass es sich um eine Kirche handelt.