Über ganz Naxos verstreut gibt es viele
archäologische Sehenswürdigkeiten zu besuchen. Das älteste Bauwerk der Insel ist eine befestigte Siedlung aus der Frühen Bronzezeit, die vor allem durch die berühmten Kykladenidole bekannt wurde. Aus der griechischen Antike stammen unter anderem die Überreste eines großen Tempels des Dionysos, als dessen Heimat Naxos galt, ein teilweise restaurierter Tempel der Demeter sowie unvollendete Monumentalstatuen und ein Wehrturm aus der hellenistischen Epoche. Auch aus der byzantinischen Zeit gibt es bedeutende Denkmäler auf der Insel: zahlreiche Klöster und Kirchen mit alten Fresken, beispielsweise eine der ältesten Kirchen des Balkanraumes, Panagía Drosianí bei Moni, oder die beeindruckende Kirche Ágios Geórgios Diasorítis bei Chalkí mit fast vollständig erhaltenen Wandmalereien. Weniger bekannt aber nicht weniger eindrucksvoll ist das große byzantinische Kastro Apalírou. Auch die venezianische Zeit hat mit vielen Wehrtürmen und der Festungsanlage Apáno Kástro ihre Spuren hinterlassen.