Wie überall auf der Welt sind auch auf Naxos verfügbare Substrate wie Felsen, Steine, Bäume und Erde an vielen Stellen dicht mit Krustenflechten bewachsen. Eine vorläufige Untersuchung der Flechten der Insel im Zuge meiner Diplomarbeit ergab gut 250 Arten, von denen über die Hälfte zu den Krustenflechten zählen. Krustenflechten besitzen eng und unablösbar dem Untergrund anliegende, für gewöhnlich mehr oder weniger rundliche Lager. Der Rand des Lagers sieht meist etwas anders aus als das Innere; dieser oft algenfreie Anteil des Pilzmycels wird als Prothallus oder Vorlager bezeichnet. Das Innere des Lagers ist meistens durch Risse in kleine Flächen aufgeteilt, die als Areolen bezeichnet werden. In den inneren Bereichen des Lagers befinden sich die Fortpflanzungsstrukturen (Apothecien, Isidien, Sorale). Krustenflechten besitzen eine vergleichsweise geringe Stoffwechselaktivität und wachsen nur sehr langsam. Deswegen sind sie gegenüber den meisten Pflanzen nicht konkurrenzfähig und kommen entsprechend nur an ungünstigen Standorten und auf ungünstigen Substraten vor, d.h. dort, wo kaum Pflanzen und Pilze, aber auch keine oder nur wenige Blatt- und Strauchflechten gedeihen können. Sie wachsen vor allem direkt auf Gestein; insbesondere Schiefer und Granit sind oft dicht mit Krustenflechten bewachsen, während Marmor zumindest in trockenen Lagen ein ungünstigeres Substrat darstellt. Auch auf Baumrinde sind Krustenflechten häufig, insbesondere an eher trockenen Standorten, während sie an feuchteren Standorten von Blatt- und Strauchflechten verdrängt werden. Die Landkartenflechte Rhizocarpon geographicum wächst auf Silikatgesteinen und ist vor allem in Gebirgen weit verbreitet. Sie besitzt ein gelbgrünliches Lager mit schwarzem Vorlager, das am Rand sowie als feine schwarze Linien zwischen den scharf abgegrenzten, kantigen Areolen sichtbar ist. Die schwarzen, oft eckigen, unberandeten Apothecien liegen meist am Rand der Areolen. Auf Naxos ist sie in den höheren Lagen auf saurem Gestein wie dem Migmatit im Inselinnern häufig.
