Naxos-Stadt weist unter allen griechischen Wetterstationen die höchste mittlere Temperatur im Januar auf: durch den Einfluss des Meeres sind die Winter sehr mild. Gleichzeitig sind die mittleren Sommertemperaturen und auch die Höchstwerte der Temperatur aus demselben Grund relativ niedrig. Die mittlere Temperatur beträgt im Januar 12,1°C, im August 24,6°C; die mittlere Jahrestemperatur beträgt 18,1°C. Die kältesten Monate sind der Januar und der Februar mit Niedrigstwerten um 0°C und Höchstwerten um 22 bzw. 25°C. Nur auf den Bergen kommt es häufiger zu Frost. Der wärmste Monat ist der Juli mit 24,7°C und einer absoluten Höchsttemperatur von 38°C (2007 und 2012 bis über 40°C) und einem Niedrigstwert von 15°C.
Klimadiagramm von Naxos-1
Klimadiagramm von Naxos-2
Aufgrund ihrer Lage mitten im ägäischen Meer ist die Insel Naxos fast ständig mehr oder weniger starken
Winden ausgesetzt. Nur in 8% des Jahres herrscht Windstille; in 22% wehen Winde von 1-2 Beaufort, in 47% von 3-5 Beaufort; in 19% des Jahres treten starke Winde mit 6-7 Beaufort und in 4% der Zeit über 8 Beaufort auf. Die vorherrschenden Windrichtungen sind zu allen Jahreszeiten nördliche Winde (
voriás = N: 43%,
maéstros = NW: 7%,
egréos = NO: 13%, insgesamt 63%), gefolgt von Südwinden (
notiás = 12%), Südostwinden (
sorókos = 8%) und Südwestwinden (
garbís = 7%); seltener herrschen Ostwinde (
anatolikós = 1%) und Westwinde (
tramundána = 1%).